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截至2009年12月，院校设有6个博士后科研流动站，已获得生物学、基础医学、临床医学、药学、生物医学工程、公共卫生与预防医学和中西医结合7个一级学科博士学位授权点；一级学科国家重点学科2个、二级学科国家重点学科8个、三级学科国家重点学科2个、国家重点培育学科1个；一级学科北京市重点学科1个、二级学科北京市重点学科3个、三级学科北京市重点学科1个；拥有260多个实验室，其中国家实验室1个（筹）、重点实验室4个、部委级重点实验室10个；藏书超过86万册，期刊5700余种，被定为中心图书馆和国家科技图书文献中心医学分中心。
院校研究生教育依托院校资源办学，优良的科研设施设备、大量的前沿课题项目、充足的科研经费、雄厚的实践基地、丰富的图书文献资源、的导师队伍及广泛的国际合作交流等，为研究生开展学术研究、参与课题实践、锻炼创新能力提供了强大的支撑和保障。

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